無公害食品標準主要包括無公害食品行業標準和農產品安全質量國家標準，二者同時頒布。無公害食品行業標準由農業部制定，是無公害農產品認證的主要依據；農產品安全質量國家標準由國家質量技術監督檢驗檢疫總局制定。
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一、無公害食品行業標準
建立和完善無公害食品標準體系，是全面推進“無公害食品行動計劃”的重要內容，也是開展無公害食品開發、管理工作的前提條件。農業部2001年制定、發布了73項無公害食品標準，2002年制定了126項、修訂了11項無公害食品標準，2004年又制定了112項無公害標準。無公害食品標準內容包括產地環境標準、產品質量標準、生產技術規范和檢驗檢測方法等，標準涉及120多個（類）農產品品種，大多數為蔬菜、水果、茶葉、肉、蛋、奶、魚等關系城鄉居民日常生活的“菜籃子”產品。
無公害食品標準以全程質量控制為核心,主要包括產地環境質量標準、生產技術標準和產品標準三個方面，無公害食品標準主要參考綠色食品標準的框架而制定。
1. 無公害食品產地環境質量標準
無公害食品的生產首先受地域環境質量的制約，即只有在生態環境良好的農業生產區域內才能生產出優質、安全的無公害食品。因此，無公害食品產地環境質量標準對產地的空氣、農田灌溉水質、漁業水質、畜禽養殖用水和土壤等的各項指標以及濃度限值做出規定，一是強調無公害食品必須產自良好的生態環境地域，以保證無公害食品最終產品的無污染、安全性，二是促進對無公害食品產地環境的保護和改善。
無公害食品產地環境質量標準與綠色食品產地環境質量標準的主要區別是：無公害食品同一類產品不同品種制定了不同的環境標準，而這些環境標準之間沒有或有很小的差異，其指標主要參考了綠色食品產地環境質量標準；綠色食品是同一類產品制定一個通用的環境標準，可操作性更強。
2. 無公害食品生產技術標準
無公害食品生產過程的控制是無公害食品質量控制的關鍵環節，無公害食品生產技術操作規程按作物種類、畜禽種類等和不同農業區域的生產特性分別制訂的，用于指導無公害食品生產活動，規范無公害食品生產，包括農產品種植、畜禽飼養、水產養殖和食品加工等技術操作規程。
從事無公害農產品生產的單位或者個人，應當嚴格按規定使用農業投入品。禁止使用國家禁用、淘汰的農業投入品。
無公害食品生產技術標準與綠色食品生產技術標準的主要區別是：無公害食品生產技術標準主要是無公害食品生產技術規程標準，只有部分產品有生產資料使用準則，其生產技術規程標準在產品認證時僅供參考，由于無公害食品的廣泛性決定了無公害食品生產技術標準無法堅持到位。綠色食品生產技術標準包括了綠色食品生產資料使用準則和綠色食品生產技術規程兩部分，這是綠色食品的核心標準，綠色食品認證和管理重點堅持綠色食品生產技術標準到位，也只有綠色食品生產技術標準到位才能真正保證綠色食品質量。
3. 無公害食品產品標準
無公害食品產品標準是衡量無公害食品終產品質量的指標尺度。它雖然跟普通食品的國家標準一樣，規定了食品的外觀品質和衛生品質等內容，但其衛生指標不高于國家標準，重點突出了安全指標，安全指標的制訂與當前生產實際緊密結合。無公害食品產品標準反映了無公害食品生產、管理和控制的水平，突出了無公害食品無污染、食用安全的特性。
無公害食品產品標準與綠色食品產品標準的主要區別是：二者衛生指標差異很大，綠色食品產品衛生指標明顯嚴于無公害食品產品衛生指標。以黃瓜為例：無公害食品黃瓜衛生指標11項，綠色食品黃瓜衛生指標18項；無公害食品黃瓜衛生要求敵敵畏≤0.2 mg/kg，綠色食品黃瓜衛生要求敵敵畏≤0.1 mg/kg。另外，綠色食品蔬菜還規定了感官和營養指標的具體要求，而無公害蔬菜沒有。綠色食品有包裝通用準則，無公害食品沒有。
按照國家法律法規規定和食品對人體健康、環境影響的程度，無公害食品的產品標準和產地環境標準為強制性標準，生產技術規范為推薦性標準。
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二、農產品安全質量國家標準
為提高蔬菜、水果的食用安全性，保證產品的質量，保護人體健康，發展無公害農產品，促進農業和農村經濟可持續發展，國家質量監督檢驗檢疫總局特制定農產品安全質量GB18406和GB/T18407，以提供無公害農產品產地環境和產品質量國家標準。農產品安全質量分為兩部分，無公害農產品產地環境要求和無公害農產品產品安全要求。
（一）無公害農產品產地環境要求
《農產品安全質量》產地環境要求GB/T18407-2001分為以下四個部分：
1. 《農產品安全質量? 無公害蔬菜產地環境要求》（GB/T18407.1-2001）
該標準對影響無公害蔬菜生產的水、空氣、土壤等環境條件按照現行國家標準的有關要求，結合無公害蔬菜生產的實際做出了規定，為無公害蔬菜產地的選擇提供了環境質量依據。
2. 《農產品安全質量? 無公害水果產地環境要求》（GB/T18407.2-2001）
該標準對影響無公害水果生產的水、空氣、土壤等環境條件按照現行國家標準的有關要求，結合無公害水果生產的實際做出了規定，為無公害水果產地的選擇提供了環境質量依據。
3. 《農產品安全質量? 無公害畜禽肉產地環境要求》（GB/T18407.3-2001）
該標準對影響畜禽生產的養殖場、屠宰和畜禽類產品加工廠的選址和設施，生產的畜禽飲用水、環境空氣質量、畜禽場空氣環境質量及加工廠水質指標及相應的試驗方法，防疫制度及消毒措施按照現行標準的有關要求，結合無公害畜禽生產的實際做出了規定。從而促進我國畜禽產品質量的提高，加強產品安全質量管理，規范市場，促進農產品貿易的發展，保障人民身體健康，維護生產者、經營者和消費者的合法權益。
4. 《農產品安全質量? 無公害水產品產地環境要求》（GB/T18407.4-2001）
該標準對影響水產品生產的養殖場、水質和底質的指標及相應的試驗方法按照現行標準的有關要求，結合無公水產品生產的實際做出了規定。從而規范我國無公害水產品的生產環境，保證無公害水產品正常的生長和水產品的安全質量，促進我國無公害水產品生產。
（二）無公害農產品產品安全要求
《農產品安全質量》產品安全要求GB18406-2001分為以下四個部分：
1. 《農產品安全質量? 無公害蔬菜安全要求》（GB18406.1-2001）
本標準對無公害蔬菜中重金屬、硝酸鹽、亞硝酸鹽和農藥殘留給出了限量要求和試驗方法，這些限量要求和試驗方法采用了現行的國家標準，同時也對各地開展農藥殘留監督管理而開發的農藥殘留量簡易測定給出了方法原理，旨在推動農藥殘留簡易測定法的探索與完善。
2. 《農產品安全質量? 無公害水果安全要求》（GB18406.2-2001）
本標準對無公害水果中重金屬、硝酸鹽、亞硝酸鹽和農藥殘留給出了限量要求和試驗方法，這些限量要求和試驗方法采用了現行的國家標準。
3. 《農產品安全質量? 無公害畜禽肉安全要求》（GB18406.3-2001）
本標準對無公害畜禽肉產品中重金屬、亞硝酸鹽、農藥和獸藥殘留給出了限量要求和試驗方法，并對畜禽肉產品微生物指標對給出了要求，這些有毒有害物質限量要求、微生物指標和試驗方法采用了現行的國家標準和相關的行業標準。
4. 《農產品安全質量? 無公害水產品安全要求》（GB18406.4-2001）
本標準對無公害水產品中的感官、鮮度及微生物指標做了要求，并給出了相應的試驗方法，這些要求和試驗方法采用了現行的國家標準和關的行業標準。